Steno vốn được nuôi dưỡng theo đức tin Luther. Nhưng sau khi thực hiện các nghiên cứu thần học so sánh, bao gồm việc đọc các sách thần học và bằng cách sử dụng các kỹ năng quan sát tự nhiên của mình, ông quyết định chọn theo con đường Công giáo.[7] Năm 1667, Steno cải sang đạo Công giáo.[6]

Năm 1675, Steno có chí hướng muốn làm một linh mục. Chỉ sau 4 tháng, ông được thụ phong linh mục và cử hành thánh lễ đầu tiên vào ngày 13 tháng 4 năm 1675 tại Vương cung thánh đường Santissima Annunziata ở Firenze khi ông đưọc 37 tuổi.[6] Steno đã rời bỏ khoa học tự nhiên cho giáo dục và thần học và trở thành một trong những nhân vật hàng đầu của Phong trào Phản cải cách. Theo lời giới thiệu của Công tước Johann Friedrich của Hannover, Giáo hoàng Innocent XI đã phong ông làm Đại diện Tông Tòa cho các xứ Truyền giáo Bắc Âu vào ngày 21 tháng 8 năm 1677. Ông được Hồng y Barbarigo phong làm giám mục của Titiopolis vào ngày 19 tháng 9 cùng năm. Ngày 7 tháng 10 năm 1680, ông được bổ nhiệm làm Giám mục Phụ tá của Münster. Năm 1683, Steno từ chức giám mục phụ tá sau một cuộc tranh cãi về việc bầu chọn giám mục mới và chuyển đến Hamburg vào năm 1684.[3] Ở đó Steno lại tham gia vào nghiên cứu não bộ và hệ thống dây thần kinh với một người bạn cũ Dirck Kerckring.[7]

Năm 1686 Steno bị ốm nặng và qua đời ở Đức. Thi hài của ông được chuyển đến Firenze và được chôn cất tại Vương cung thánh đường San Lorenzo. Năm 1946, ông được cải táng.[6]

Án phong Chân phước

Sau khi qua đời vào năm 1686, Steno được tôn vinh như là một vị thánh trong Giáo phận Hildesheim. Quá trình phong thánh của ông được bắt đầu ở Osnabrück vào năm 1938. Năm 1953, mộ của ông trong hầm mộ của nhà thờ San Lorenzo được mở ra như một phần của quá trình phong chân phước. Hài cốt của ông được đặt trong một nhà nguyện Capella Stenoniana.[8] Ông được Giáo hoàng Gioan Phaolô II phong Chân phước vào năm 1988 với lễ kính vào ngày 5 tháng 12.[2]